MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/LST plasmid pL2bLST

Total Repeats: 169

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020985	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020985	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020985	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020985	TGG	2	6	78	83	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020985	TTG	2	6	106	111	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020985	GTT	2	6	194	199	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472052
7	NC_020985	A	6	6	257	262	100 %	0 %	0 %	0 %	478472052
8	NC_020985	AT	3	6	476	481	50 %	50 %	0 %	0 %	478472052
9	NC_020985	T	6	6	522	527	0 %	100 %	0 %	0 %	478472052
10	NC_020985	T	8	8	580	587	0 %	100 %	0 %	0 %	478472052
11	NC_020985	ATTG	2	8	632	639	25 %	50 %	25 %	0 %	478472052
12	NC_020985	T	6	6	693	698	0 %	100 %	0 %	0 %	478472052
13	NC_020985	A	7	7	726	732	100 %	0 %	0 %	0 %	478472052
14	NC_020985	GGA	2	6	782	787	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472052
15	NC_020985	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472052
16	NC_020985	GT	4	8	1018	1025	0 %	50 %	50 %	0 %	478472052
17	NC_020985	A	6	6	1117	1122	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020985	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472053
19	NC_020985	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472053
20	NC_020985	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472053
21	NC_020985	GA	3	6	1333	1338	50 %	0 %	50 %	0 %	478472053
22	NC_020985	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478472053
23	NC_020985	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472053
24	NC_020985	TCTG	2	8	1470	1477	0 %	50 %	25 %	25 %	478472053
25	NC_020985	GAAA	2	8	1496	1503	75 %	0 %	25 %	0 %	478472053
26	NC_020985	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472053
27	NC_020985	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472053
28	NC_020985	T	8	8	1612	1619	0 %	100 %	0 %	0 %	478472053
29	NC_020985	AGGA	2	8	1629	1636	50 %	0 %	50 %	0 %	478472053
30	NC_020985	A	6	6	1688	1693	100 %	0 %	0 %	0 %	478472053
31	NC_020985	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472053
32	NC_020985	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472053
33	NC_020985	T	6	6	1838	1843	0 %	100 %	0 %	0 %	478472053
34	NC_020985	A	6	6	1932	1937	100 %	0 %	0 %	0 %	478472053
35	NC_020985	TGTT	2	8	1962	1969	0 %	75 %	25 %	0 %	478472053
36	NC_020985	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472053
37	NC_020985	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472053
38	NC_020985	AAT	2	6	2173	2178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_020985	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020985	T	7	7	2209	2215	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020985	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472054
42	NC_020985	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472054
43	NC_020985	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478472054
44	NC_020985	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472054
45	NC_020985	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472054
46	NC_020985	GT	3	6	2557	2562	0 %	50 %	50 %	0 %	478472054
47	NC_020985	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472054
48	NC_020985	AT	3	6	2732	2737	50 %	50 %	0 %	0 %	478472054
49	NC_020985	A	8	8	2772	2779	100 %	0 %	0 %	0 %	478472054
50	NC_020985	TTCT	2	8	2808	2815	0 %	75 %	0 %	25 %	478472054
51	NC_020985	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472054
52	NC_020985	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472054
53	NC_020985	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472054
54	NC_020985	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472054
55	NC_020985	TC	3	6	3069	3074	0 %	50 %	0 %	50 %	478472054
56	NC_020985	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472054
57	NC_020985	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472054
58	NC_020985	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472054
59	NC_020985	TTAAT	2	10	3161	3170	40 %	60 %	0 %	0 %	478472054
60	NC_020985	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472054
61	NC_020985	AT	3	6	3284	3289	50 %	50 %	0 %	0 %	478472054
62	NC_020985	GTTT	2	8	3334	3341	0 %	75 %	25 %	0 %	478472054
63	NC_020985	AGGA	2	8	3454	3461	50 %	0 %	50 %	0 %	478472054
64	NC_020985	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472054
65	NC_020985	A	6	6	3565	3570	100 %	0 %	0 %	0 %	478472054
66	NC_020985	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472055
67	NC_020985	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472055
68	NC_020985	TTTC	2	8	3714	3721	0 %	75 %	0 %	25 %	478472055
69	NC_020985	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472055
70	NC_020985	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472055
71	NC_020985	GGAT	2	8	3834	3841	25 %	25 %	50 %	0 %	478472055
72	NC_020985	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472055
73	NC_020985	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472055
74	NC_020985	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472055
75	NC_020985	ATATAG	2	12	4105	4116	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478472055
76	NC_020985	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472055
77	NC_020985	ACGTTA	2	12	4369	4380	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478472055
78	NC_020985	AT	3	6	4391	4396	50 %	50 %	0 %	0 %	478472055
79	NC_020985	A	7	7	4434	4440	100 %	0 %	0 %	0 %	478472055
80	NC_020985	TTGG	2	8	4483	4490	0 %	50 %	50 %	0 %	478472055
81	NC_020985	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472055
82	NC_020985	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472055
83	NC_020985	CT	3	6	4533	4538	0 %	50 %	0 %	50 %	478472055
84	NC_020985	A	6	6	4539	4544	100 %	0 %	0 %	0 %	478472055
85	NC_020985	TAAA	2	8	4558	4565	75 %	25 %	0 %	0 %	478472055
86	NC_020985	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472055
87	NC_020985	ATTA	2	8	4629	4636	50 %	50 %	0 %	0 %	478472055
88	NC_020985	ATTT	2	8	4663	4670	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020985	A	6	6	4683	4688	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020985	ATA	2	6	4751	4756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472056
91	NC_020985	AAT	2	6	4797	4802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472056
92	NC_020985	ACA	2	6	4810	4815	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472056
93	NC_020985	AAT	2	6	4873	4878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472056
94	NC_020985	TGG	2	6	4965	4970	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472056
95	NC_020985	TTG	2	6	4985	4990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472056
96	NC_020985	TTG	2	6	5044	5049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472056
97	NC_020985	AAC	2	6	5059	5064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472056
98	NC_020985	TAA	2	6	5076	5081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472056
99	NC_020985	AGG	2	6	5130	5135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472056
100	NC_020985	CAG	2	6	5195	5200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472056
101	NC_020985	ATT	2	6	5203	5208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472056
102	NC_020985	GGC	2	6	5224	5229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478472056
103	NC_020985	GTT	2	6	5230	5235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472056
104	NC_020985	TCA	2	6	5290	5295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472056
105	NC_020985	ATT	2	6	5329	5334	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472056
106	NC_020985	GGT	2	6	5391	5396	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	478472056
107	NC_020985	T	6	6	5460	5465	0 %	100 %	0 %	0 %	478472056
108	NC_020985	CAAA	2	8	5479	5486	75 %	0 %	0 %	25 %	478472056
109	NC_020985	A	6	6	5536	5541	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020985	TTA	2	6	5594	5599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472057
111	NC_020985	A	6	6	5617	5622	100 %	0 %	0 %	0 %	478472057
112	NC_020985	CAA	2	6	5734	5739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472057
113	NC_020985	ATT	2	6	5757	5762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472057
114	NC_020985	A	6	6	5811	5816	100 %	0 %	0 %	0 %	478472057
115	NC_020985	T	6	6	5912	5917	0 %	100 %	0 %	0 %	478472058
116	NC_020985	GGA	2	6	5929	5934	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472058
117	NC_020985	ACA	2	6	5944	5949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472058
118	NC_020985	A	6	6	5992	5997	100 %	0 %	0 %	0 %	478472058
119	NC_020985	TCT	2	6	6034	6039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472058
120	NC_020985	ATCA	2	8	6111	6118	50 %	25 %	0 %	25 %	478472058
121	NC_020985	A	7	7	6129	6135	100 %	0 %	0 %	0 %	478472058
122	NC_020985	CAT	2	6	6158	6163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472058
123	NC_020985	AAC	2	6	6211	6216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472058
124	NC_020985	ATA	2	6	6265	6270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472058
125	NC_020985	CCTAG	2	10	6280	6289	20 %	20 %	20 %	40 %	478472058
126	NC_020985	AAG	2	6	6302	6307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472058
127	NC_020985	TTG	2	6	6311	6316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472058
128	NC_020985	AATT	2	8	6326	6333	50 %	50 %	0 %	0 %	478472058
129	NC_020985	TTCTA	2	10	6357	6366	20 %	60 %	0 %	20 %	478472058
130	NC_020985	TCGG	2	8	6397	6404	0 %	25 %	50 %	25 %	478472058
131	NC_020985	GAA	3	9	6412	6420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472058
132	NC_020985	GAT	2	6	6451	6456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472058
133	NC_020985	TA	3	6	6478	6483	50 %	50 %	0 %	0 %	478472058
134	NC_020985	T	6	6	6515	6520	0 %	100 %	0 %	0 %	478472058
135	NC_020985	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472058
136	NC_020985	TCG	2	6	6531	6536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472058
137	NC_020985	TC	3	6	6544	6549	0 %	50 %	0 %	50 %	478472058
138	NC_020985	TCT	2	6	6558	6563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472058
139	NC_020985	AGA	2	6	6567	6572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472058
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.